Kiliseden camiye dönüştürülen yapı, yedi yapı evresi altında incelenebilmektedir:
1. Evre, yapının ilk özgün hali olan kareye yakın planlı, üç nefli yapıdır. Haç planlı naos yan neflerden daha geniş tutulmuştur. Naos’un doğu ucuna yarım daire şeklinde bir apsis eklenmiştir. Nartheks, yapının batısında yer almaktadır. Olasılıkla 8. yüzyıla tarihlendirilen, kilise planının “Kapalı Yunan Haçı” şemasına yaklaştığı 3. Evre’de mevcut taşıyıcı ayaklara ek yapılarak yapının naosu ve yan nefleri, kubbe ve tonozlarla örtülmüştür. Kilisenin batısına haç planlı bir giriş yapısının eklenmiş olduğu 4. Evre, 12. yüzyıla tarihlendirilmektedir. Olasılıkla bir deprem yüzünden büyük ölçüde yıkılan kilisenin yeniden düzenlenmiş olduğu 5. Evre, 13. yüzyılın ilk 10 yılı ile ilişkilendirilmektedir. Yeni düzenleme ile kilisenin üzeri beşik çatılı, galerili bir bazilikaya dönüştürülmüştür. İlk apsise ikinci küçük bir apsis de eklenmiştir.

Haç planlı naosun kuzey ve güney yan kolları taşıyıcı ayaklarla ayrılarak yeni yan nefler oluşturulmuş; böylece merkezi yapı yerine beş nefli bazilikal planlı bir yapı ortaya çıkmıştır. Küçük tadilat işlemlerini içeren 6. Evre ve kilisenin camiye dönüştürüldüğü 7. Evre 16. yüzyıl başlarına tarihlendirilmektedir.

Kale içi yangını sırasında ağır hasar alan yapı, yangın sonrasında terk edilmiş içi atık malzemelerle doldurulmuştur. 1990’lı yıllarda yapılan kazı çalışmaları sonrasında planı ve çevresindeki diğer antik dönem kalıntıları (stoa, monopteros) ortaya çıkarılmıştır. 2022 yılında restorasyonu yapılarak yıkılmış duvarları tamamlanmış, statik olarak tehlikeli durumdaki duvarları sağlamlaştırılmış ve minaresi yeniden yapılarak, cami olarak hizmete açılmıştır.