İskele Camii iki katlı ve altıgen planlı şekilde inşa edilmiştir. Alt kat baldaken tarzında planlanmıştır ve baldakenin ortasında bir su kaynağı bulunmaktadır. Harim olarak planlanan üst kısım dıştan kırma çatı, içten kubbe ile örtülüdür. Minare ahşaptan tek şerefelidir.

İki katlı ve altıgen planlı yapı altı adet ayak ve bunları birbirine bağlayan basık kemerler üzerinde inşa edilmiştir. Kuzey cephe ortasında yer alan ve merdivenle çıkılan basık kemerli kapı harime giriş kapısı olarak kullanılmaktadır. Güneybatı, batı ve doğu cephelerinde ortada yer alacak şekilde dikdörtgen formlu ve yuvarlak kemerli pencereler yer almaktadır; güney cephe sağır bırakılmıştır. Üçgen alınlığa sahip mihrap güney cephenin ortasına konumlandırılmıştır. Güneybatı duvarının köşesinde yaptıran şahısların isimlerini ve yapım tarihini kaydeden bir kitabe yer almaktadır.

Kuzeybatıda yer alan minare, duvara bitişik inşa edilmiştir. Tamamıyla ahşaptan yapılmış olan minare silindirik formlu beton kaide üzerinde yükselmektedir. Üç sıra düz silme ile korkuluğu yalın bırakılmış şerefeye geçilmektedir; petek kısmı, çıtaların taşıdığı külah kısmı ve âlem ile de minare sonlanmaktadır. Minareye giriş harimin içindeki dikdörtgen formlu kapıdan sağlanmaktadır.